通关一周目后，二周目将解锁七贤者相关剧情。七贤者是等离子团的核心成员，分布在不同地点等待玩家触发剧情。二周目开始后，红豆杉博士的父亲会升级图鉴为全国图鉴，随后玩家需前往飞云市右下方天箭之桥，与切林共同调查等离子团踪迹，并在矢车森林深处首次遇见七贤者之一的阿斯拉。
七贤者具体出现地点包括：P2实验室最左端靠海处、梦之遗迹内部另一楼梯出口、沙漠古代城堡深处、冰库左上角集装箱区域、电气石洞穴内部、14号路通往丰饶之祠的山崖上。在矢车森林外围的试炼之岩附近，玩家每天可让格斗系宝可梦打出星之砂，而七宝市博物馆内芦荟会提供化石二选一的机会，联动前作还能触发回忆剧情。
在探索过程中，玩家需注意部分七贤者剧情需与前作口袋妖怪黑白联动才能触发。例如在三曜市原道馆改建的餐厅内，与前作三位馆主对话可回忆暗之三位一体的战斗，之后可选择其中一位组队进行双打对战。梦之迹地会出现拉迪欧斯（黑或拉帝亚斯（白，追逐后发生战斗，联动前作时会有NPC提及前作主角对抗等离子团的事迹。
完成七贤者相关剧情后，玩家可前往海底遗迹解读文字，或挑战黑色摩天楼（黑与白色森林（白的高难度内容。七贤者剧情不仅补充了等离子团的背景故事，还为玩家提供了获取稀有道具和神兽的机会。建议玩家在探索时携带冲浪、攀瀑等秘传技能，以便进入隐藏区域。
例如在矢车森林触发剧情后，切林会赠送升级补丁包用于3D龙进化；而P2实验室的飞船内，击败科学家可获得大师球。这些内容进一步丰富了二周目的可玩性，建议玩家逐一探索以免遗漏关键道具或剧情。
